Men in Black mengikuti eksploitasi agen Kay (Jones) dan Jay (Smith), anggota sebuah organisasi rahasia yang didirikan untuk memantau aktivitas asing di Bumi. Para MiB dua menemukan diri mereka di tengah plot mematikan oleh teroris intergalaksi (Vincent D'Onofrio) yang telah tiba di Bumi untuk membunuh dua duta besar dari lawan galaksi.
