Suatu kejadian aneh menimpa empat ekor kura-kura kecil yang tanpa sengaja terkena tumpahan limbah kimia berwarna hijau (dalam film ini disebut Ooze) disuatu gorong-gorong bawah tanah kota New York. Entah bagaimana cairan lendir tersebut mengubah kura-kura tersebut menjadi lebih besar dan bertransformasi layaknya manusia.
Akhirnya dengan bantuan seekor tikus mutant juga yang dianggap sebagai sensei maupun daddy, keeempat kawanan kura-kura tersebut dijaga dan dirawat hingga bisa tumbuh berkembang menjadi layaknya anak muda kebanyakan. Leonardo, Michaelangelo, Donatello dan Rapael adalah nama keempat kura-kura remaja yang diberikan oleh ayah serta gurunya yang bernama Spliter. Suka makan pizza, disco, bermain game sampai bertarung dengan kemampuan martial art layaknya para ninja adalah kelebihan mereka.

Hingga pada akhirnya keempat kura-kura remaja tersebut dipertemukan secara tidak sengaja dengan April O’neil (Judith Hoag) seorang reporter teve yang tengah mengalami accident ketika tengah meliput aksi kejahatan yang melibatkan Foot Clan. Dengan berkembangnya alur cerita, ternyata gerombolan Foot Clan mempunyai niat busuk terhadap remaja kota New York, dibawah pimpinan master ninja beraliran ilmu hitam, Shredder (James Saito), Foot Clan melancarkan gerakan bawah tanahnya.
Dengan dibantu oleh para ninja turtle, April bersama rekannya Cassey Jones (Elias Koteas) berusaha membongkar kegiatan jahat Foot Clan. Tapi sayang aksi mereka ketahuan. Lantas bagaimanakah akhir dari usaha April CS tersebut?

Source : http://dwinugros.wordpress.com